La historia de Ta ga Tame no Alchemist tiene lugar en el continente de Babel, donde la Torre de Babel ocupa un lugar importante entre las Siete Naciones. Después de que la invención de la alquimia llevase a la humanidad al borde de la extinción al usarse como herramienta de guerra, las naciones alcanzaron una paz incómoda que condujo a su prohibición durante cientos de años. En el Año Continental 911, la Nación de Lustrice rompió el pacto de paz al reunir un ejército reforzado por alquimia con la intención de conquistar el continente. Liderados por Envylia, las seis naciones se aliaron y derrotaron a Lustrice, devolviendo a la alquimia a la oscuridad una vez más. Sin embargo, 20 años después de la guerra la alquimia vuelve a sembrar el caos en el continente…