Gosick se sitúa en 1924 en un ficticio país europeo llamado Saubure. La historia se centra en Kazuya Kujo, el tercer hijo de un soldado imperial japonés, quien es un estudiante de intercambio que llega a la Academia Santa Margarita, donde las leyendas urbanas e historias de terror están a la orden del día. Allí conoce a Victorique, una misteriosa y bella joven que nunca asiste a las clases y pasa sus días leyendo libros en la biblioteca de la escuela o resolviendo los misterios que Grevil, su hermano, no puede resolver. La serie se centra principalmente en Kazuya y Victorique que tratan de resolver diferentes casos misteriosos.